Есть разные способы это сделать.
Стандартный и не очень, но тоже вполне рабочий.
[spoiler]
1. Стандартный. Я пользуюсь именно им.
Меню "Конфигурация - Хранилище конфигурации - Обновить конфигурацию из хранилища".
Если лень лазить по меню каждый раз - можно подключить панель!
2. Нажать правой кнопкой на корень хранилища, в меню пункт "Получить из хранилища", и выполнить с галкой "Рекурсивно"
Несмотря на то, что способ долгий, неудобный и нестандартный - большинство коллег на моём опыте по незнанию пользуются именно им.
Какой вариант подходит больше именно вам - решайте сами
